PEACHi
Cluster o++a is enriched in the following gene classes
GeneSet DB Hit Count
Pathways_-_KEGGBioCarta.gmt.txt 6
GO_-_Cellular_Component.gmt.txt 3
Pathways_-_Reactome.gmt.txt 5
GO_-_Biological_Process.gmt.txt 1
HIV_Collection.gmt.txt 1
Chromosomal_Bands.gmt.txt 7
GeneSet Name GeneSet DB log(P) Qvalue Observed in Background Observed in Cluster Expected in Cluster
AMINO SUGAR METABOLIC PROCESS GO_-_Biological_Process.gmt.txt -5.4 0.00143 4.0 3.0 0.18
BIOCARTA 41BB PATHWAY Pathways_-_KEGGBioCarta.gmt.txt -3.1 0.02606 10.0 3.0 0.46
BIOCARTA TID PATHWAY Pathways_-_KEGGBioCarta.gmt.txt -4.4 0.01271 10.0 4.0 0.46
BIOCARTA TOLL PATHWAY Pathways_-_KEGGBioCarta.gmt.txt -2.8 0.03411 20.0 4.0 0.92
CYTOPLASMIC MEMBRANE BOUND VESICLE GO_-_Cellular_Component.gmt.txt -2.5 0.04858 44.0 6.0 2.02
CYTOSOL GO_-_Cellular_Component.gmt.txt -3.0 0.02106 105.0 12.0 4.81
HIV A0ZUT1 ENV HIV_Collection.gmt.txt -3.3 0.0246 9.0 3.0 0.41
Interleukin-1 signaling Pathways_-_Reactome.gmt.txt -2.5 0.03235 23.0 4.0 1.05
KEGG ADIPOCYTOKINE SIGNALING PATHWAY Pathways_-_KEGGBioCarta.gmt.txt -2.7 0.035 30.0 5.0 1.37
KEGG NOD LIKE RECEPTOR SIGNALING PATHWAY Pathways_-_KEGGBioCarta.gmt.txt -2.4 0.0481 24.0 4.0 1.1
KEGG TOLL LIKE RECEPTOR SIGNALING PATHWAY Pathways_-_KEGGBioCarta.gmt.txt -2.6 0.0404 42.0 6.0 1.92
MEMBRANE BOUND VESICLE GO_-_Cellular_Component.gmt.txt -2.5 0.04858 44.0 6.0 2.02
NOD1/2 Signaling Pathway Pathways_-_Reactome.gmt.txt -2.2 0.04483 17.0 3.0 0.78
Nuclear signaling by ERBB4 Pathways_-_Reactome.gmt.txt -3.2 0.01135 16.0 4.0 0.73
Platelet degranulation Pathways_-_Reactome.gmt.txt -2.3 0.03787 25.0 4.0 1.15
Prolactin receptor signaling Pathways_-_Reactome.gmt.txt -3.3 0.01023 9.0 3.0 0.41
chr17q24 Chromosomal_Bands.gmt.txt -3.6 0.00821 14.0 4.0 0.64
chr2p21 Chromosomal_Bands.gmt.txt -2.4 0.028 15.0 3.0 0.69
chr3p22 Chromosomal_Bands.gmt.txt -2.1 0.0412 18.0 3.0 0.82
chr4q31 Chromosomal_Bands.gmt.txt -2.2 0.03629 17.0 3.0 0.78
chr6p24 Chromosomal_Bands.gmt.txt -3.1 0.01432 10.0 3.0 0.46
chr8p11 Chromosomal_Bands.gmt.txt -2.2 0.03629 17.0 3.0 0.78
chrxq22 Chromosomal_Bands.gmt.txt -3.3 0.00969 23.0 5.0 1.05
Gene expression pattern
Figure: Temporal expression patterns were grouped into clusters with differential expression profiles at three phases of the viral life cycle, namely reverse transcription, integration, and late phase. Boxplots on the left show the distribution of the normalized regression weights for each viral phase used in clustering. Expression change pattern of each gene over time is plotted for mock and HIV samples (dotted orange lines) along with the cluster median (bold red line).
List of genes
Ensembl ID Name Cluster
ENSG00000183044 ABAT o++a
ENSG00000125257 ABCC4 o++a
ENSG00000248785 AC004067.4 o++a
ENSG00000183444 AC004967.8 o++a
ENSG00000196295 AC005154.6 o++a
ENSG00000250702 AC007228.1 o++a
ENSG00000229666 AC008872.1 o++a
ENSG00000223960 AC009948.5 o++a
ENSG00000162997 AC012358.1 o++a
ENSG00000188985 AC016839.1 o++a
ENSG00000236859 AC018737.1 o++a
ENSG00000229056 AC020571.3 o++a
ENSG00000249983 AC022035.1 o++a
ENSG00000235897 AC069257.4 o++a
ENSG00000245085 AC080112.2 o++a
ENSG00000243317 AC091736.5 o++a
ENSG00000105889 AC099759.1 o++a
ENSG00000228857 AC104653.1 o++a
ENSG00000226508 AC104655.3 o++a
ENSG00000214999 AC129492.6 o++a
ENSG00000180408 AC133961.1 o++a
ENSG00000122729 ACO1 o++a
ENSG00000049192 ADAMTS6 o++a
ENSG00000165923 AGBL2 o++a
ENSG00000118507 AKAP7 o++a
ENSG00000196704 AMZ2 o++a
ENSG00000089053 ANAPC5 o++a
ENSG00000182718 ANXA2 o++a
ENSG00000224790 AP000704.5 o++a
ENSG00000070718 AP3M2 o++a
ENSG00000145819 ARHGAP26 o++a
ENSG00000196440 ARMCX4 o++a
ENSG00000141337 ARSG o++a
ENSG00000214435 AS3MT o++a
ASP_region ASP_region o++a
ENSG00000101844 ATG4A o++a
ENSG00000179774 ATOH7 o++a
ENSG00000130770 ATPIF1 o++a
ENSG00000119986 AVPI1 o++a
ENSG00000179941 BBS10 o++a
ENSG00000083123 BCKDHB o++a
ENSG00000023445 BIRC3 o++a
ENSG00000134897 BIVM o++a
ENSG00000178096 BOLA1 o++a
ENSG00000143158 BRP44 o++a
ENSG00000166275 C10orf32 o++a
ENSG00000122378 C10orf58 o++a
ENSG00000156384 C10orf78 o++a
ENSG00000182993 C12orf60 o++a
ENSG00000151287 C13orf27 o++a
ENSG00000179630 C13orf31 o++a
ENSG00000129480 C14orf126 o++a
ENSG00000133943 C14orf159 o++a
ENSG00000186073 C15orf41 o++a
ENSG00000186665 C17orf58 o++a
ENSG00000168675 C18orf1 o++a
ENSG00000179397 C1orf101 o++a
ENSG00000143110 C1orf162 o++a
ENSG00000116667 C1orf21 o++a
ENSG00000197183 C20orf112 o++a
ENSG00000005436 C2orf3 o++a
ENSG00000143919 C2orf34 o++a
ENSG00000162994 C2orf63 o++a
ENSG00000056050 C4orf27 o++a
ENSG00000174749 C4orf32 o++a
ENSG00000250317 C4orf52 o++a
ENSG00000082213 C5orf22 o++a
ENSG00000120306 C5orf32 o++a
ENSG00000155542 C5orf35 o++a
ENSG00000137434 C6orf52 o++a
ENSG00000122783 C7orf49 o++a
ENSG00000164898 C7orf55 o++a
ENSG00000178538 CA8 o++a
ENSG00000182389 CACNB4 o++a
ENSG00000183049 CAMK1D o++a
ENSG00000126247 CAPNS1 o++a
ENSG00000105483 CARD8 o++a
ENSG00000196954 CASP4 o++a
ENSG00000108468 CBX1 o++a
ENSG00000169193 CCDC126 o++a
ENSG00000144395 CCDC150 o++a
ENSG00000120860 CCDC53 o++a
ENSG00000166946 CCNDBP1 o++a
ENSG00000153283 CD96 o++a
ENSG00000185267 CDNF o++a
ENSG00000239704 CDRT4 o++a
ENSG00000115816 CEBPZ o++a
ENSG00000143126 CELSR2 o++a
ENSG00000183137 CEP57L1 o++a
ENSG00000217555 CKLF o++a
ENSG00000115295 CLIP4 o++a
ENSG00000120885 CLU o++a
ENSG00000188243 COMMD6 o++a
ENSG00000108582 CPD o++a
ENSG00000175029 CTBP2 o++a
ENSG00000109861 CTSC o++a
ENSG00000055130 CUL1 o++a
ENSG00000095596 CYP26A1 o++a
ENSG00000003137 CYP26B1 o++a
ENSG00000196730 DAPK1 o++a
ENSG00000057019 DCBLD2 o++a
ENSG00000170456 DENND5B o++a
ENSG00000228716 DHFR o++a
ENSG00000100612 DHRS7 o++a
ENSG00000104093 DMXL2 o++a
ENSG00000116675 DNAJC6 o++a
ENSG00000116641 DOCK7 o++a
ENSG00000088387 DOCK9 o++a
ENSG00000156171 DRAM2 o++a
ENSG00000183929 DUSP5P o++a
ENSG00000158560 DYNC1I1 o++a
ENSG00000198919 DZIP3 o++a
ENSG00000103319 EEF2K o++a
ENSG00000122547 EEPD1 o++a
ENSG00000243364 EFNA4 o++a
ENSG00000151491 EPS8 o++a
ENSG00000164308 ERAP2 o++a
ENSG00000139083 ETV6 o++a
ENSG00000112685 EXOC2 o++a
ENSG00000158234 FAIM o++a
ENSG00000112584 FAM120B o++a
ENSG00000138286 FAM149B1 o++a
ENSG00000054965 FAM168A o++a
ENSG00000148481 FAM188A o++a
ENSG00000107771 FAM190B o++a
ENSG00000128578 FAM40B o++a
ENSG00000119979 FAM45A o++a
ENSG00000166797 FAM96A o++a
ENSG00000090920 FCGBP o++a
ENSG00000077782 FGFR1 o++a
ENSG00000022267 FHL1 o++a
ENSG00000079150 FKBP7 o++a
ENSG00000076258 FMO4 o++a
ENSG00000115414 FN1 o++a
ENSG00000137942 FNBP1L o++a
ENSG00000171877 FRMD5 o++a
ENSG00000140564 FURIN o++a
ENSG00000172728 FUT10 o++a
ENSG00000104290 FZD3 o++a
ENSG00000155760 FZD7 o++a
ENSG00000160219 GAB3 o++a
ENSG00000164574 GALNT10 o++a
ENSG00000133574 GIMAP4 o++a
ENSG00000196329 GIMAP5 o++a
ENSG00000145723 GIN1 o++a
ENSG00000138604 GLCE o++a
ENSG00000106571 GLI3 o++a
ENSG00000113552 GNPDA1 o++a
ENSG00000135052 GOLM1 o++a
ENSG00000152642 GPD1L o++a
ENSG00000020181 GPR124 o++a
ENSG00000116157 GPX7 o++a
ENSG00000178075 GRAMD1C o++a
ENSG00000155974 GRIP1 o++a
ENSG00000138780 GSTCD o++a
ENSG00000185068 GTF2H5 o++a
ENSG00000113070 HBEGF o++a
ENSG00000134248 HBXIP o++a
ENSG00000148634 HERC4 o++a
ENSG00000181061 HIGD1A o++a
ENSG00000237303 HIGD1DP o++a
ENSG00000132541 HRSP12 o++a
ENSG00000159128 IFNGR2 o++a
ENSG00000143061 IGSF3 o++a
ENSG00000104365 IKBKB o++a
ENSG00000137496 IL18BP o++a
ENSG00000083457 ITGAE o++a
ENSG00000096968 JAK2 o++a
ENSG00000154721 JAM2 o++a
ENSG00000253320 KB-1507C5.2 o++a
ENSG00000185760 KCNQ5 o++a
ENSG00000134504 KCTD1 o++a
ENSG00000168676 KCTD19 o++a
ENSG00000081791 KIAA0141 o++a
ENSG00000054523 KIF1B o++a
ENSG00000138182 KIF20B o++a
ENSG00000150457 LATS2 o++a
ENSG00000189067 LITAF o++a
ENSG00000136153 LMO7 o++a
ENSG00000186001 LRCH3 o++a
ENSG00000198862 LTN1 o++a
ENSG00000154589 LY96 o++a
ENSG00000111885 MAN1A1 o++a
ENSG00000073803 MAP3K13 o++a
ENSG00000197442 MAP3K5 o++a
ENSG00000107968 MAP3K8 o++a
ENSG00000186868 MAPT o++a
ENSG00000173926 MARCH3 o++a
ENSG00000140943 MBTPS1 o++a
ENSG00000122696 MCART1 o++a
ENSG00000126217 MCF2L o++a
ENSG00000215424 MCM3AP-AS o++a
ENSG00000111554 MDM1 o++a
ENSG00000133816 MICAL2 o++a
ENSG00000121211 MND1 o++a
ENSG00000154889 MPPE1 o++a
ENSG00000149573 MPZL2 o++a
ENSG00000011028 MRC2 o++a
ENSG00000243147 MRPL33 o++a
ENSG00000214827 MTCP1 o++a
ENSG00000136371 MTHFS o++a
ENSG00000185697 MYBL1 o++a
ENSG00000138744 NAAA o++a
ENSG00000125814 NAPB o++a
ENSG00000161048 NAPEPLD o++a
ENSG00000196668 NCRNA00173 o++a
ENSG00000223768 NCRNA00205 o++a
ENSG00000067141 NEO1 o++a
ENSG00000109320 NFKB1 o++a
ENSG00000182117 NOP10 o++a
ENSG00000113971 NPHP3 o++a
ENSG00000180530 NRIP1 o++a
ENSG00000073969 NSF o++a
ENSG00000065320 NTN1 o++a
ENSG00000213965 NUDT19 o++a
ENSG00000198088 NUP62CL o++a
ENSG00000173559 OBFC2A o++a
ENSG00000122126 OCRL o++a
ENSG00000106809 OGN o++a
ENSG00000128694 OSGEPL1 o++a
ENSG00000059378 PARP12 o++a
ENSG00000041880 PARP3 o++a
ENSG00000166228 PCBD1 o++a
ENSG00000099139 PCSK5 o++a
ENSG00000116005 PCYOX1 o++a
ENSG00000138735 PDE5A o++a
ENSG00000073417 PDE8A o++a
ENSG00000198721 PECI o++a
ENSG00000112419 PHACTR2 o++a
ENSG00000156531 PHF6 o++a
ENSG00000067177 PHKA1 o++a
ENSG00000171608 PIK3CD o++a
ENSG00000171033 PKIA o++a
ENSG00000187980 PLA2G2C o++a
ENSG00000154822 PLCL2 o++a
ENSG00000120756 PLS1 o++a
ENSG00000163389 POGLUT1 o++a
ENSG00000105854 PON2 o++a
ENSG00000186951 PPARA o++a
ENSG00000127125 PPCS o++a
ENSG00000101445 PPP1R16B o++a
ENSG00000162976 PQLC3 o++a
ENSG00000197870 PRB3 o++a
ENSG00000019485 PRDM11 o++a
ENSG00000162409 PRKAA2 o++a
ENSG00000115825 PRKD3 o++a
ENSG00000172179 PRL o++a
ENSG00000161542 PRPSAP1 o++a
ENSG00000106772 PRUNE2 o++a
ENSG00000165983 PTER o++a
ENSG00000188921 PTPLAD2 o++a
ENSG00000206527 PTPLB o++a
ENSG00000119943 PYROXD2 o++a
ENSG00000127328 RAB3IP o++a
ENSG00000123570 RAB9B o++a
ENSG00000136933 RABEPK o++a
ENSG00000101265 RASSF2 o++a
ENSG00000143207 RFWD2 o++a
ENSG00000138835 RGS3 o++a
ENSG00000182732 RGS6 o++a
ENSG00000151692 RNF144A o++a
ENSG00000219758 RP1-249H1.3 o++a
ENSG00000240137 RP11-103G8.2 o++a
ENSG00000224536 RP11-134G8.7 o++a
ENSG00000233967 RP11-250B2.3 o++a
ENSG00000233461 RP11-295G20.2 o++a
ENSG00000139617 RP11-298P3.4 o++a
ENSG00000230564 RP11-339F13.1 o++a
ENSG00000246228 RP11-382A18.1 o++a
ENSG00000176320 RP11-404O13.5 o++a
ENSG00000233184 RP11-421L21.3 o++a
ENSG00000196951 RP11-425I13.3 o++a
ENSG00000215246 RP11-43F13.3 o++a
ENSG00000248161 RP11-499E18.1 o++a
ENSG00000224597 RP11-534G20.3 o++a
ENSG00000224094 RP11-578F5.1 o++a
ENSG00000235505 RP11-693N9.2 o++a
ENSG00000113811 RP11-884K10.5 o++a
ENSG00000227533 RP5-848E13.3 o++a
ENSG00000228436 RP5-864K19.4 o++a
ENSG00000171643 S100Z o++a
ENSG00000177570 SAMD12 o++a
ENSG00000151748 SAV1 o++a
ENSG00000132330 SCLY o++a
ENSG00000106803 SEC61B o++a
ENSG00000135622 SEMA4F o++a
ENSG00000138758 SEPT11 o++a
ENSG00000229000 SEPT7P8 o++a
ENSG00000021355 SERPINB1 o++a
ENSG00000145391 SETD7 o++a
ENSG00000185437 SH3BGR o++a
ENSG00000163053 SLC16A14 o++a
ENSG00000147100 SLC16A2 o++a
ENSG00000137266 SLC22A23 o++a
ENSG00000115840 SLC25A12 o++a
ENSG00000146411 SLC2A12 o++a
ENSG00000138459 SLC35A5 o++a
ENSG00000124786 SLC35B3 o++a
ENSG00000157800 SLC37A3 o++a
ENSG00000070214 SLC44A1 o++a
ENSG00000170365 SMAD1 o++a
ENSG00000170545 SMAGP o++a
ENSG00000143740 SNAP47 o++a
ENSG00000174446 SNAPC5 o++a
ENSG00000109762 SNX25 o++a
ENSG00000112335 SNX3 o++a
ENSG00000196141 SPATS2L o++a
ENSG00000134278 SPIRE1 o++a
ENSG00000137767 SQRDL o++a
ENSG00000145545 SRD5A1 o++a
ENSG00000128039 SRD5A3 o++a
ENSG00000196935 SRGAP1 o++a
ENSG00000141380 SS18 o++a
ENSG00000064225 ST3GAL6 o++a
ENSG00000119760 SUPT7L o++a
ENSG00000132405 TBC1D14 o++a
ENSG00000136111 TBC1D4 o++a
ENSG00000196507 TCEAL3 o++a
ENSG00000196663 TECPR2 o++a
ENSG00000138336 TET1 o++a
ENSG00000136478 TEX2 o++a
ENSG00000072274 TFRC o++a
ENSG00000163634 THOC7 o++a
ENSG00000187554 TLR5 o++a
ENSG00000139173 TMEM117 o++a
ENSG00000198792 TMEM184B o++a
ENSG00000142188 TMEM50B o++a
ENSG00000117586 TNFSF4 o++a
ENSG00000169902 TPST1 o++a
ENSG00000054116 TRAPPC3 o++a
ENSG00000180098 TRNAU1AP o++a
ENSG00000072756 TRNT1 o++a
ENSG00000196689 TRPV1 o++a
ENSG00000135951 TSGA10 o++a
ENSG00000143643 TTC13 o++a
ENSG00000103852 TTC23 o++a
ENSG00000252498 U6.1170 o++a
ENSG00000252549 U6.1184 o++a
ENSG00000206972 U6.533 o++a
ENSG00000212385 U6.790 o++a
ENSG00000117143 UAP1 o++a
ENSG00000024048 UBR2 o++a
ENSG00000173960 UBXN2A o++a
ENSG00000109189 USP46 o++a
ENSG00000198382 UVRAG o++a
ENSG00000035403 VCL o++a
ENSG00000156931 VPS8 o++a
ENSG00000152422 XRCC4 o++a
ENSG00000166896 XRCC6BP1 o++a
ENSG00000171448 ZBTB26 o++a
ENSG00000175893 ZDHHC21 o++a
ENSG00000140836 ZFHX3 o++a
ENSG00000125846 ZNF133 o++a
ENSG00000159915 ZNF233 o++a
ENSG00000183621 ZNF438 o++a
ENSG00000198342 ZNF442 o++a
ENSG00000189164 ZNF527 o++a
ENSG00000167555 ZNF528 o++a
ENSG00000144792 ZNF660 o++a
ENSG00000175691 ZNF77 o++a
ENSG00000180532 ZSCAN4 o++a
ENSG00000162415 ZSWIM5 o++a
hsa-let-7a hsa-let-7a o++a
hsa-miR-1246 hsa-miR-1246 o++a
hsa-miR-629* hsa-miR-629* o++a
hsa-miR-92b hsa-miR-92b o++a